W kraju o nazwie Bajdocja mieszkają bajarze, na czele których stoi Wielki Bajarz, wybierany przez pozostałych mieszkańców raz na dwadzieścia lat. Największym problemem w tym kraju jest brak atramentu, za pomocą którego bajarze mogliby spisywać wymyślone przez siebie bajki i zachować je dla potomności. Pewnego dnia w Bajdocji zjawia się słynny naukowiec Ambroży Kleks i obiecuje zdobyć atrament dla Bajdocji. Pan Kleks otrzymuje trójmasztowiec o nazwie Apolinary Mruk wraz z załogą. Wyrusza na pełną przygód i niebezpieczeństw wyprawę. Odwiedza takie fantastyczne wyspy i krainy jak Abecja, Patentonie, Wyspy Gramatyczne, Parzybrocja, Przylądek Aptekarski oraz Nibycję. Opowieść okazuje się fantazją Alojzego Bąbla. Jednak Kleks dotrzymuje obietnicy – sam zamienia się w kałamarz z atramentem, który ląduje na biurku Wielkiego Bajarza. Wielki Bajarz rozpoczyna pisanie o przygodach pana Kleksa...