W 2002 roku ukończył studia filozoficzno-teologiczne w Gdańskim Seminarium Duchownym. 15 czerwca 2002 roku otrzymał święcenia prezbiteriatu. Został inkardynowany do archidiecezji gdańskiej. Uzyskał doktorat nauk teologicznych na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
W 2004 roku założył Puckie Hospicjum Domowe, a 3 lata później nadzorował budowę Puckiego Hospicjum pw. św. Ojca Pio, którego został dyrektorem i prezesem zarządu. - Współczesna medycyna i bioetyka, także katolicka, mówi o tym, by bardziej stawiać na jakość życia, nie na jego długość - mówił ksiądz Jan Kaczkowski.
W 2012 roku Jan Kaczkowski został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Był też Honorowym Obywatelem Pucka.
W 2012 roku Jan Kaczkowski został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Był też Honorowym Obywatelem Pucka.