Kierownik każdej jednostki realizującej projekty finansowane lub współfinansowane z europejskich funduszy unijnych jest zobowiązany do przestrzegania zasad kontroli finansowej i merytorycznej. Wymagania te nakłada na każdą jednostkę zarówno prawo bilansowe, jak też wytyczne instytucji wdrażających w oparciu o rozporządzenia Unii Europejskiej. Podstawowym instrumentem kontroli finansowej w jednostkach jest instrukcja obiegu, kontroli i archiwizacji dokumentów.