27 kwietnia 2005 roku ówczesny prezes IPN, Leon Kieres, podczas niewiarygodnie wręcz nagłośnionej konferencji prasowej, ogłosił, że ojciec Konrad Hejmo był agentem SB i że donosił na papieża. Z tego ostatniego, najcięższego oskarżenia prof. Kieres szybko się wycofał (nie zdobywając się nawet na zdawkowe „przepraszam”). Natomiast oskarżenie o agenturalność ojca Konrada podważyłem, w tekście pt. „Bronię ojca Konrada Hejmo”, po skrupulatnym przestudiowaniu trzech teczek, na podstawie których IPN sponiewierał go i pozbawił dobrego imienia. Wielu przyjaciół ojca Konrada zadaje sobie pytanie, co było prawdziwym powodem tego, że IPN instytucja państwowa, powołana do służby historycznej prawdzie tak brutalnie i tak niesprawiedliwie go potraktował.