W roku 1919 został profesorem Uniwersytetu w Strasburgu, który był silnym ośrodkiem historii średniowiecznej. Tam powziął myśl nowego naświetlenia myśli św. Tomasza i odrodzenia zainteresowania nią dzięki ukazaniu średniowiecznych korzeni filozofii nowożytnej.
Analizując myśl św. Tomasza, Gilson doszedł do wniosku, że wbrew utartym poglądom tomizm nie był zwieńczeniem myśli scholastycznej i nie mieścił się w jej głównym nurcie, a przeciwnie, był wyrazem reakcji przeciw niej. Dostrzegł zaczątki dokonującego się w czasach Tomasza rozdziału filozofii i nauki, co jego zdaniem oznaczało odarcie człowieka z jego boskości i uczynienie go "zwyczajnym" tworem natury. To z kolei otworzyło drogę do najrozmaitszych eksperymentów społecznych, włącznie z tymi najbardziej zbrodniczymi. Zdaniem Gilsona nie tworzenie rozmaitych systemów filozoficznych, lecz powrót do myśli Akwinaty stwarza szansę na rozwiązanie trapiących nas problemów.
Odchodząc, pozostawił po sobie ponad 800 prac naukowych i 60 książek.