Był najstarszym synem Lucy Henry Kingston (zm. 1852) i jego żony Frances Sophii Rooke (ur. 1789), córki sir Gilesa Rooke'a , sędziego Sądu Powszechnego . Dziadek Kingstona ze strony ojca, John Kingston (1736–1820), był członkiem parlamentu , który stanowczo popierał zniesienie handlu niewolnikami , pomimo posiadania plantacji w Demerara . Jego ojciec Lucy zajął się biznesem winiarskim w Porto, a Kingston mieszkał tam przez wiele lat, odbywając częste podróże do Anglii i rozwijając dożywotnią miłość do morza.
Jego pierwszą książką był The Circassian Chief , opowiadanie opublikowane w 1844 roku. Mieszkając jeszcze w Porto, napisał The Prime Minister , powieść historyczną luźno opartą na życiu Sebastião José de Carvalho e Melo, 1. markiza Pombal , oraz Lusitanian Sketches , opisy podróży po Portugalii.
Osiedliwszy się w Anglii, zainteresował się ruchem emigracyjnym, w 1844 roku redagował The Colonist and The Colonial Magazine and East India Review , był honorowym sekretarzem stowarzyszenia kolonizacyjnego, w 1848 roku napisał Some Suggestions for a System of General Emigration , w 1849 roku wygłosił wykład na temat kolonizacji, w 1850 roku opublikował podręcznik dla kolonistów zatytułowany How to Emigrate i odwiedził zachodnie wyżyny w imieniu komisarzy emigracyjnych.
Później był gorliwym wolontariuszem i aktywnie działał na rzecz poprawy warunków życia marynarzy.
Ale od 1850 roku jego głównym zajęciem było pisanie książek dla chłopców lub redagowanie roczników i tygodników dla chłopców. Założył Union Jack , gazetę dla chłopców, zaledwie kilka miesięcy przed śmiercią.