Był synem maklera giełdowego. W wieku szesnastu lat, jako uczeń gimnazjum, uciekł do Afryki, skąd został odesłany do kraju przez austriackiego konsula. Dwa lata później, po zdaniu matury, został dziennikarzem w redakcji „Neues Wiener Journal”. Następnie wstąpił jako ochotnik do Tyrolskiego Pułku Strzelców Cesarskich, skąd w wyniku konfliktu z dowódcą zdezerterował po pięciu miesiącach i wyjechał do Szwajcarii. W Zurychu ożenił się po raz pierwszy i po śmierci matki w 1899 roku wyemigrował do Nowego Jorku, gdzie uzyskał obywatelstwo amerykańskie. Wkrótce w wyniku nieudanych operacji finansowych stracił cały majątek. W 1899 roku wrócił do Europy i zamieszkał w Berlinie. Pracował tam jako dziennikarz w redakcji „Berliner Morgenpost” opisując liczne skandale miejscowych urzędników państwowych. Po wykryciu korupcji w Hoftheater, którego dyrektor popełnił samobójstwo, Bettauer został osadzony na 25 dni w więzieniu a następnie zmuszony do opuszczenia kraju. Wyjechał do Monachium i następnie do Hamburga. Tam po rozwodzie poznał swoją drugą żonę, z którą wziął ślub na pokładzie statku płynącego do Stanów Zjednoczonych. W Nowym Jorku pracował jako reporter a także uczestniczył w akcjach pomocy humanitarnej mieszkańcom Wiednia. Następnie zajął się pisaniem powieści dla emigrantów z Europy. W roku 1910 powrócił do Wiednia, gdzie napisał i wydał wiele książek, w tym kilka powieści kryminalnych. Od 1924 roku był współwydawcą czasopisma "Sie und Er. Wochenschrift für Lebenskunst und Erotik". Ze względu na odważnie poruszaną tematykę stosunków damsko-męskich czasopismo zostało skonfiskowane. W procesie sądowym Bettauer został uniewinniony, ale jego następstwem było prześladowanie przez antysemitów. W 1925 roku Hugo Bettauer został zamordowany w redakcji swojego czasopisma przez młodego narodowego socjalistę, Ottona Rothstocka, chcącego ocalić kulturę niemiecką przed „żydowską degeneracją”. Rothstocka okrzyknięto bohaterem i choć austriacki sąd uznał go za winnego zabójstwa, wkrótce został zwolniony z więzienia.