Kiedy na pokładzie Sidonii trwają przygotowania do ataku na kolosalny statek klasterowy, Nagate i hybryda Tsumugi Shiraui wyruszają na ratunek eskadrze zwiadowczej, zaatakowanej przez rój pustelniaków. Lecz czy we dwoje zdołają ocalić Izanę i przetrwać starcie z przebiegłym przeciwnikiem?