Równie okrutnie Japończycy potraktowali Nankin. Do centrum miasta wkroczyli przed świtem 13 grudnia. Od razu rozpoczęli masakrę jego mieszkańców. Początkowo strzelali do osób, które znajdowały się na ulicach i placach lub obserwowały z okien i bram wejście japońskich oddziałów. Następnie mordowano ludzi w ich domach lub wywlekano na podwórka oraz ulice i tam dokonywano kaźni. Ofiary też torturowano, wydłubywano im oczy, obcinano uszy i dłonie, wyrywano języki, w wymyślny sposób wieszano (np. za palec) lub duszono.