Wydawnictwo Naukowe UMK jest jednym z największych wydawnictw uczelnianych w Polsce. Publikuje prawie 300 tytułów rocznie, w tym: monografie, rozprawy, podręczniki i czasopisma – z nauk humanistycznych, społeczno-ekonomicznych, matematyczno-przyrodniczych i medycznych. Od 2011 r. wydaje i dystrybuuje prestiżową serię „Monografie Fundacji na rzecz Nauki Polskiej”. W 2013 r. Wydawnictwo uruchomiło pierwszą tego typu w Polsce platformę z otwartym dostępem do czasopism naukowych (Akademicka Platforma Czasopism: apcz.pl).